Główną siedzibą CIEM jest budynek dotychczas wykorzystywany przez Bibliotekę Medyczną UJ CM, zlokalizowany w Krakowie-Prokocimiu, tuż obok wybudowanej nowej siedziby Szpitala Uniwersyteckiego. Zostało tu utworzonych 7 sal symulacyjnych wysokiej wierności (sala porodowa, sala środowiskowa, sala operacyjna, dwie sale IT oraz dwie sale SOR). Wyposażone zostały również dwie pracownie BLS oraz 6 ALS, pracownia do nauki umiejętności chirurgicznych z dziesięcioma dwuosobowymi stanowiskami. Jest tu również pracownia do nauki umiejętności technicznych oraz pomieszczenia przeznaczone do prowadzenia egzaminów OSCE, które w trakcie roku akademickiego służyć będą do zajęć w małych grupach ćwiczeniowych, takich jak PBL czy CBL oraz zajęć typu BLS czy doskonalenia umiejętności komunikacyjnych w pracy z symulowanymi pacjentami. Sale są zaaranżowane jako gabinety lekarskie, gabinet stomatologiczny, pomieszczenia biurowe czy domowe, tak by móc symulować pracę lekarza w różnych warunkach i zostaną wyposażone w systemy nagrywania audio i video, tak by studenci indywidualnie mogli samodoskonalić umiejętności.
Rozpoczęcie zajęć w nowym budynku CIEM planowane było na październik 2018 r. Niestety, umowa z wykonawcą robót budowlanych została rozwiązana. W maju 2018 r. ogłoszono nowe postępowanie przetargowe na dokończenie inwestycji, w wyniku którego wyłoniono nowego wykonawcę robót budowlanych.

W związku z zaistniałą sytuacją na nowe centrum symulacji musieliśmy poczekać do 2020 r. Inwestycja została zakończona i odebrana dnia 17.04.2020 r.

Od października 2020 roku studenci  mogą korzystać z pomieszczeń dydaktycznych w nowym budynku CIEM zlokalizowanych przy ul. Medycznej 7.